Il Tribunale degli Inquisidori de Stato era composto da tre membri i quali, alla scadenza del loro mandato, potevano essere immediatamente rieletti senza che nei loro riguardi si applicasse la contumacia.

Fin dal 1539, per legge, i candidati potevano essere tolti indifferentemente sia dal Consejo dei Diese che dalla sua Zonta ma in seguito, dopo l'abolizione di quest'ultima avvenuta nel 1583, venne stabilito che gli Inquisidori potessero essere tolti esclusivamente tra i membri del Consejo dei Diese e del Minor Consejo (escluso il Dose). Per evitare però che il prestigio dell'appartenere al Minor Consejo ne favorisse oltremodo l'elezione, con il rischio di vedere occupati tutti i posti disponibili, una Parte del 1588 approvata dal Consejo dei Diese e confermata più tardi anche dal Mazor Consejo, stabilì che un solo Consigliere ducale potesse essere eletto a questo incarico.

L'elezione avveniva per scrutinio segreto, in Consejo dei Diese, restando eletti i due dei Diese ed il Consigliere ducale che avessero riportato la maggioranza semplice dei voti.

La consuetudine stabilì con il passare del tempo che l'Inquisidor tolto dal Minor Consejo si dicesse "il rosso", mentre i due tolti dal Consejo dei Diese si dicessero invece "i neri", così nominati rispettivamente dal colore della veste che abitualmente indossavano nell'ufficio di provenienza.

La presidenza dei lavori della magistratura veniva assunta secondo l'ordine gerarchico e quindi di norma affidata al Consigliere ducale, mentre la legge disponeva che gli Inquisidori dovessero sempre deliberare all'unanimità, pena la nullità di qualsiasi provvedimento.

Per salvaguardare l'attività dell'ufficio, oltre ai membri di diritto, veniva eletto regolarmente anche un Inquisidor de rispéto avente appunto funzioni di supplenza, che interveniva nei casi in cui dopo l'applicazione delle rigorose norme che cacciavano di cappello i membri incompatibili con il processo che si andava a trattare, l'Inquisitorato si trovasse nell'impossibilità di legalmente funzionare.