Essendo, nel concreto, praticamente inesistenti le formalità giuridiche atte a regolare l'azione degli Inquisidori, ciò consentiva all'ufficio una notevole libertà d'azione, potendo tempestivamente intervenire contro qualsiasi forma di sedizione o tentativo di perturbamento dello Stato.

Se il rito prevedeva che essi istruissero il processo in maniera segreta, non era raro che, una volta completata la fase istruttoria, si vedessero assegnati dal Consejo dei Diese anche la facoltà di portarlo speditamente a compimento, poiché in questo modo le cause e gli effetti dell'attività di contrasto restavano circoscritti entro quel supremo Tribunale. Anche per questo motivo le denunce segrete che erano indirizzate agli Inquisidori vennero sempre archiviate a parte, così che le preziose fonti d'informazione non venissero necessariamente portate a conoscenza di tutto il Consejo dei Diese, anche se ciò non escludeva che, in qualunque momento, il Consiglio poteva decidere di avocare a sè l'esame di qualsivoglia processo.

Generalmente, l'apertura del fascicolo istruttorio aveva quasi sempre inizio dal ricevimento di una denuncia, anonima oppure firmata, che perveniva all'ufficio venendo spedita in città come dalla più sperduta località del territorio della Repubblica. Gli Inquisidori ne vagliavano il contenuto, facendo attenzione a non immischiarsi in faccende o beghe personali e privilegiando quelle che invece riferivano episodi circostanziati di turbativa sociale (rapine, angherie, cattiva giustizia, bravi) oppure di presunte trame eversive contro lo Stato. Le denunce non ritenute attendibili venivano subito bruciate.  

Quelle ritenute meritevoli di un supplemento di indagine venivano trascritte e quindi si procedeva inviando in sopralluogo alcune spie per accertare il reale fondamento dell'accusa. Nel caso in cui qualcosa di grave venisse rilevato riguardo al comportamento o agli atti dell'indiziato, gli Inquisidori potevano decidere per il cauto arresto, che in questo caso poteva anche essere ordinato da un solo Inquisidor, ma nella riduzione immediatamente successiva serviva la conferma unanime dell'ufficio, altrimenti si doveva immediatamente liberare il prigioniero. In ogni caso, confermati i sospetti, iniziava l'istruzione del processo: in segreto si interrogavano i testimoni, intimando loro che nulla lasciassero trapelare dell'interrogatorio subito. Raccolto un numero di prove e riscontri considerato sufficiente, veniva il turno dell'imputato, che veniva convocato (se non già in carcere) e sottoposto anch'esso ad interrogatorio.

Va notato che gli Inquisidori non partecipavano mai direttamente alle formalità istruttorie, a tale compito erano delegati i notai ducali oppure, nei casi ritenuti più gravi, un segretario del Consejo dei Diese. Questi alti funzionari pubblici provvedevano a verbalizzare le domande del Tribunale e le risposte avute dei testimoni, notificavano al reo i  capi d'accusa, ricevevano le suppliche e registravano le eventuali difese.

Una volta conclusa l'acquisizione delle prove, se gravi erano ritenuti dagli Inquisidori i fatti emersi, il fascicolo del processo veniva senza indugio trasmesso al Consejo dei Diese, che provvedeva a formare il Collegio speciale al quale i tre Inquisidori venivano aggregati di diritto, conservando sia il diritto di por ballotta (votare) e di por Parte (proporre l'eventuale condanna).

Se invece il processo non dava adito a particolare preoccupazione, esso veniva portato a compimento dagli stessi Inquisidori che ora sostenevano di persona l'interrogatorio dell'inquisito, potendo nei primi tempi applicare anche la tortura per ottenere la verità. All'ufficio spettava formulare la sentenza, avendone dato avviso preventivo al Consejo dei Diese, che poi doveva essere pubblicata assieme a tutte le risultanze del processo nella prima riunione del Mazor Consejo.

Le pene generalmente applicate, andavano dalla relegazione nella propria casa od in campagna od in fortezza, alla prigione temporanea od a vita, oppure alla morte segreta, spesso per annegamento. a questo proposito, con Parte approvata dal Consejo dei Diese nel 1584, si delegò agli Inquisidori la facoltà di poter applicare, a loro discrezione, pene inferiori a quelle previste; mentre se invece a loro parere pene più gravi si imponevano, dovevano ottenere la conferma del Consejo dei Diese.

In caso infine di reati di lieve entità, gli Inquisidori si limitavano ad ammonire il colpevole, talora verbalmente, talora facendogli recapitare una lettera con cui l'inquisito veniva semplicemente convocato a Palazzo per comunicazioni. Dopo una lunga e (si può immaginare quanto) penosa anticamera, senza mai aver incontrato i giudici, improvvisamente il fante degli Inquisidori lo congedava, senza nessun'altro avviso.