La convocazione e la presidenza dei lavori.

La Quarantia teneva le riduzioni in un'apposita sala situata al secondo piano del Palazzo Ducale.

Collegio fra i più prestigiosi per gli alti incarichi ad esso affidati, le funzioni di presidenza e di coordinamento della sua attività si vollero affidate ad un apposito ufficio detto semplicemente dei tre Capi, al quale accedevano, a rotazione e ad esclusione, tutti i quaranta giudici, scelti direttamente dai loro colleghi.

Questa completa autosufficienza della Quarantia relegò per un lungo periodo di tempo il Minor Consejo al poco consono ruolo di semplice spettatore dei lavori di questo Collegio. Nonostante la sua presenza fosse indispensabile per la validità delle sedute, il massimo ufficio di presidenza aveva infatti il diritto di assistere al dibattimento delle cause ed alle discussioni tecniche ma in modo del tutto passivo.

Tale stato di fatto si configurava in palese contrasto con il ruolo affidato al Minor Consejo, che invece doveva poter svolgere il proprio compito all’interno di qualunque consiglio della Repubblica. La presa d'atto in merito allo stridente contrasto fra l'autonomia del tribunale e la sostanziale inanità nella quale si trovava confinato il Minor Consejo costituirà l'inizio della lenta eclissi delle fortune politiche della Quarantia.

Come questa contraddizione fu affrontata e risolta è noto: facendo ricorso alla prudenza ed alla consueta lentezza nell'agire, il sistema avviò la normalizzazione affidandosi in questo caso alla pratica della consuetudine, che portò ad inglobare entro il Minor Consejo, senza strappi e senza traumi, l’ufficio di presidenza dei tre Capi.

L'esasperante lentezza con cui venne messa in atto questa trasformazione costituzionale fu nella pratica quotidiana così indolore che, alla conclusione del processo, una Parte che sancisca ufficialmente l’avvenuta fusione tra i due uffici non è stata ancora rintracciata. 

Compiuto il mutamento, i tre Capi, pur continuando sempre ad essere designati dalla Quarantia, si trovarono talmente assorbiti negli impegni e nelle funzioni derivanti dal nuovo incarico che, dal momento in cui venivano eletti, per l'intero mandato perdevano quasi ogni contatto con il Collegio di provenienza.

Non riuscendo perciò materialmente i tre Capi ad esercitare con la dovuta continuità anche le loro funzioni di presidenza, il sistema si avvide del pericolo che un Collegio così importante rimanesse senza guida oppure, ipotesi assai più grave, del tutto inoperoso. Per ovviare a questa intollerabile disfunzione, venne allora istituita un’apposita commissione, eletta dal corpo del Minor Consejo ed i cui tre membri, con il titolo di Consiglieri Inferiori, automaticamente rilevavano il posto dei tre Capi, assumendone in toto le attribuzioni dell'ufficio.